Заказчик по 44-ФЗ необоснованно заплатил контрагенту. С какого момента течет давность и причем тут казначейство?

Заказчик по 44-ФЗ и подрядчик подписали документы, подтверждающие выполнение обязательств подрядчиком, что явилось основанием для оплаты. Спустя длительное время казначейство при проверке расходования заказчиком бюджетных средств выявляет, что какая-то часть работ не была выполнена (соответственно и часть оплаты подрядчик получил необоснованно).

Заказчик подает к подрядчику иск о взыскании неосновательного обогащения, а подрядчик ссылается на истечение срока исковой давности, на что заказчик возражает – срок исчисляется с момента проверки казначейства. Предлагаю подробно остановится на этом вопросе.